Được biết, đoàn kiểm tra liên ngành được chia làm 4 tổ tiến hành kiểm tra tại chùa Bồ Đề với các nội dung như thực trạng chăm sóc, nuôi dưỡng các đối tượng trẻ em, người tàn tật, người cao tuổi (gọi chung là đối tượng bảo trợ xã hội); công tác tiếp nhận, quản lý đối tượng bảo trợ xã hội…
Tại thời điểm kiểm tra, số đối tượng bảo trợ xã hội có 135 người, trong đó trẻ em từ 0 đến dưới 6 tuổi là 55; trẻ em từ 6 đến dưới 16 tuổi là 37; người tàn tật trên 16 tuổi, người cao tuổi thuộc nhóm đối tượng bảo trợ xã hội là 34 và có 9 trường hợp người cơ nhỡ xin tá túc.
Qua đối chiếu tổng số người có mặt tại thời điểm kiểm tra với hồ sơ do phía nhà chùa cung cấp và qua hồ sơ của các cơ quan quản lý Nhà nước thì có có 24 người (gồm 21 trẻ em và 3 người già) có tên trong hồ sơ nhưng không có mặt. Cơ quan chức năng đã trực tiếp phân công cán bộ đi xác minh theo các địa chỉ do nhà chùa cung cấp. Qua đó bước đầu làm rõ 3 người già và 5 trẻ em đã được đưa vào Trung tâm bảo trợ xã hội; 13 trẻ em được các gia đình nhận nuôi dưỡng; 1 trẻ em được nhận làm con nuôi (có quyết định của UBND phường Bồ Đề) và 2 trẻ em đang được nuôi dưỡng tại chùa khác.
Qua kiểm tra thực tế, cơ quan chức năng nhận thấy việc nuôi trẻ nhỏ tại đây còn có nhiều bất cập như việc trẻ em bị bỏ rơi tại chùa, khi phát hiện thì nhà chùa chưa  khai báo với chính quyền địa phương để thực hiện các thủ tục pháp lý theo quy định của pháp luật.
Theo đó, đoàn liên ngành xác định 100% trẻ từ 0 - 6 tuổi đều chưa được đi học tại các cơ sở giáo dục theo quy định. Chỉ có 18 trẻ từ 6 - 16 tuổi được đi học thường xuyên; 6 trẻ chuẩn bị vào lớp 1; 13 trẻ không đi học, đa phần do bệnh lý. Về việc thực hiện khai sinh cho trẻ, có 80/92 trẻ chưa được đăng ký khai sinh, gồm 47/52 trẻ bị bỏ rơi và 33/40 trẻ lang thang cơ nhỡ, được gia đình gửi vào chùa.
Từ kết quả kiểm tra, đoàn liên ngành sẽ có những kiến nghị, đề xuất đối với nhà chùa, quận Long Biên và đề các cơ quan chức năng cần vào cuộc, giải quyết các vướng mắc trong việc nuôi dưỡng các đối tượng bảo trợ xã hội tại chùa Bồ Đề.
Trước đó, liên quan đến việc khởi tố, bắt tạm giam hai đối tượng liên quan đến hành vi mua bán trẻ em, Thượng tá Vũ Thái Hưng - Phó trưởng Phòng Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội CATP (PC45) - cho biết: Trong quá trình điều tra, cơ quan CA nhận thấy việc tiếp nhận, nuôi trẻ em ở chùa Bồ Đề có nhiều điểm bất hợp lý, việc quản lý trẻ rất lỏng lẻo, các cháu ra vào chùa thoải mái, không ai quản lý việc các cháu ra vào - đây là một trong những nguyên nhân chính khiến cho việc đối tượng quản lý trẻ tại chùa lợi dụng việc này đưa cháu bé ra khỏi chùa để bán đi.
Chính vì vậy, cơ quan công an kiến nghị các cơ sở liên quan đến việc nuôi, nhận trẻ mồ côi phải có sổ sách theo dõi đầy đủ, khai báo, trình báo với chính quyền. Khi gia đình có nhu cầu đưa cháu về nhà nuôi phải có sự đồng ý của chính quyền cấp cơ sở để tránh xảy ra những sự cố đáng tiếc xảy ra như vụ ở chùa Bồ Đề.