Theo cáo trạng, trong ba năm 2013 - 2016, ông Khải đã chiếm đoạt 172 triệu đồng tiền hỗ trợ cho học sinh bán trú đang học tập tại trường.

Tại học kỳ I năm 2013-2014, ông Khải chỉ cấp phát 45 triệu đồng trong tổng số tiền phải chi trả là hơn 80 triệu đồng, còn 35 triệu đồng giữ lại tư túi.

Trong năm học 2014-2015, thay vì chi trả cho học sinh là hơn 222 triệu đồng, nhưng đã chiếm đoạt 123 triệu đồng, chỉ chi trả 98 triệu đồng.

Tiếp đó, tại học kỳ I năm học 2015-2016, dù đầu năm nhiều em đã nghỉ học, tuy vậy, ông Khải đã cố tình lập danh sách khống rồi "nhờ" học sinh khác ký vào danh sách nhận tiền để bỏ túi hơn 13 triệu đồng.  

Qua ba năm học, số tiền bị Hiệu trưởng Trần Quốc Khải tham ô là 172 triệu đồng .

Bị cơ quan chức năng phát giác, ông Khải đã giao nộp cho cơ quan điều tra  hơn 100 triệu đồng, và chỉ mới chi trả cho 34 em học sinh 71 triệu đồng .