Một trong những vướng mắc lớn nhất hiện nay trong thông quan hàng hóa xuất nhập khẩu là thủ tục quản lý chuyên ngành, gắn với trách nhiệm của nhiều bộ, cơ quan khác nhau, gây khó cho DN. Cụ thể như ngành dệt may, mặc dù luôn nhập khẩu cùng 1 mặt hàng nhưng lần nào cũng bắt buộc phải kiểm định hàm lượng formaldehyde mới được thông quan, gây tốn kém thời gian cho DN. Hoặc hồ sơ xin cấp chứng nhận hàng hóa đòi hỏi quá nhiều giấy tờ, đặc biệt là tờ khai hải quan… 

Một số chuyên gia tư vấn cho rằng vẫn còn tình trạng một mặt hàng được điều chỉnh bởi nhiều chính sách, phải kiểm tra nhiều lần ở nhiều bộ phận khác nhau... làm chậm trễ thời gian thông quan, gây khó khăn cho DN. Nhất là nhóm hàng chịu sự quản lý chuyên ngành, theo thống kê, 6 tháng đầu năm 2014, có gần 35% hàng hóa xuất nhập khẩu chịu sự quản lý chuyên ngành. Thậm chí tại hải quan TPHCM, con số này cao gấp đôi, lên tới 60-70%, khiến hàng hóa thuộc luồng vàng tăng lên.

Phó Cục trưởng Cục Xuất nhập khẩu (Bộ Công Thương) Đỗ Thị Thu Hương - cho rằng, những nhóm hàng được quản lý chuyên ngành là nhóm hàng phải đảm bảo sức khỏe người tiêu dùng, đảm bảo an ninh và theo cam kết của Việt Nam với các công ước quốc tế… Hiện Bộ Công Thương đang rà soát theo hướng những nhóm hàng không cần thiết quản lý chuyên ngành thì chuyển sang quản lý theo cách khác như điều kiện quy chuẩn, điều kiện nhập khẩu. Giảm tối đa nhóm hàng quản lý chuyên ngành của các bộ. Thứ hai là rà soát quy trình cấp phép giảm thời gian, giảm giấy tờ, chứng từ. Thực hiện kết nối cơ chế 1 cửa quốc gia với Tổng cục Hải quan, góp phần giảm số giờ thông quan tại cửa khẩu. 

Đại diện Tổng cục Hải quan - Phó Trưởng Ban Chỉ đạo cải cách thủ tục hải quan Lê Như Quỳnh - cho rằng, để đạt mục tiêu này, thời gian qua, ngành hải quan tập trung 3 giải pháp lớn, tiếp tục tạo điều kiện thuận lợi cho DN. Tập trung trước mắt là hoàn thiện thể chế chính sách kiểm tra chuyên ngành, phù hợp thông lệ quốc tế; đầu tư cơ sở vật chất, nguồn lực… Mục tiêu đặt ra cho ngành hải quan là đến cuối năm 2016 giảm thời gian hoàn thành thủ tục xuất khẩu xuống còn dưới 10 ngày và thời gian nhập khẩu xuống còn dưới 12 ngày. Đây là chỉ số ngang bằng mức trung bình của các nước ASEAN-4, so với mức 21 ngày cho cả xuất và nhập khẩu như đánh giá của Ngân hàng Thế giới năm 2013.

Clip: Khai trương Hải quan một cửa