Trước đó, TS Vũ Ngọc Long đã nhận được một số phân tích của các nhà khoa học ở các lĩnh vực khác nhau và đã tổng hợp các ý kiến của các nhà khoa học này. Theo đó, TS Long cho biết: Tỉnh Đồng Nai khẳng định dự án không làm thay đổi đáng kể về chế độ thủy lực của dòng chảy đoạn sông, không gây ảnh hưởng xấu đến sự thay đổi dòng chảy và tác động đến các đoạn bờ lân cận. Tuy nhiên, từ những phân tích của các nhà khoa học trong VRN cho thấy những số liệu đo đạc và kết quả nghiên cứu của báo cáo ĐTM còn thiếu cơ sở khoa học

Tổng hợp phân tích ĐTM của các nhà khoa học VRN về dự án này cho rằng: Cả hai báo cáo ĐTM nói trên mới chỉ ở mức sơ bộ, chưa mang tầm của một dự án thi công với hơn 91% là lấn chiếm mặt nước ven sông như hiện nay. Điều đáng lo ngại nhất là tác động của công trình lấn sông “Cải tạo cảnh quan và phát triển đô thị ven sông Đồng Nai” sẽ ảnh hưởng rất lớn đến diễn biến lòng sông từ thượng lưu đến hạ lưu khu vực dự án, đến các khu vực Cù Lao Phố, cầu Ghềnh, cầu Rạch Cát, cầu Hiệp Hòa… Đó là những trọng điểm về nguy cơ bị tác động. Dự án làm co hẹp dòng chảy, mất cân bằng động lực là một trong những tác nhân gậy ra sạt lở, xói sâu công trình, đặc biệt ở đây nền địa chất bị yếu. Cần phải tiến hành nghiên cứu tổng hợp lại cơ sở dữ liệu của cả hai báo cáo trên, đồng thời bổ sung đo đạc các yếu tố phục vụ tính toán chi tiết cụ thể hơn.

“Vì bản chất của dự án là lấn sông, khu vực làm dự án gần ngã ba sông, có cồn đất, Cù Lao Phố nằm chắn giữa dòng, có một đoạn cong phình ra của sông, trước khi chia ra thành 2 nhánh sông... Khu vực sông như vậy được gọi là khu vực rất nhạy cảm trong tự nhiên. Thêm vào đó địa hình đáy sông khu vực dự án này là trên nền đất yếu rất phức tạp, không bình thường nếu như so sánh với đoạn phía trên thượng, hạ nguồn. Mọi sự can thiệp của con người, gây tác động đến khu vực này là phải hết sức thận trọng và nhẹ nhàng. 

Tác động của dự án này sẽ làm thay đổi dòng chảy cả trên bề mặt lẫn dòng chảy ngầm dưới lòng đáy sông. Dự án sẽ làm xói lở ở một phần bờ sông của bờ bên kia, hoặc khoét sâu xuống làm sâu phần đáy sông, làm tăng sự xâm nhập mặn từ hạ lưu hoặc xói lở ở ngay phần mũi của Cù Lao Phố. Những vật liệu bị sói lở này sẽ được dòng nước đẩy sang nơi khác và có thể làm bồi lắng ở một chỗ khác thậm chí theo ngày tháng nó sẽ bối lấp đi một đoạn nào đó của một trong 2 nhánh sông phía dưới dự án, hoặc gây mất an toàn cho phần bố và chân cầu Gềnh, cầu Bửu Hòa...” - TS Vũ Ngọc Long cho biết.

Ngoài ra, báo cáo phân tích cũng cho rằng, liên quan đến báo cáo đánh giá tác động dòng chảy sông Đồng Nai đoạn từ cầu Hóa An đến Cầu Ghềnh (tháng 10.2009) là một báo cáo chuyên ngành về tác động dòng chảy sông giai đoạn chuẩn bị dự án, do vậy những nghiên cứu này mới chỉ ở bước phục vụ công tác đầu tư, chưa phải là báo cáo ĐTM dành cho giai đoạn thiết kế thi công.