Dựa trên kết quả điều tra thực địa và khám nghiệm tử thi của cơ quan công an, Bộ Y tế kết luận đây là chùm ca bệnh phản ứng sau tiêm chủng vaccine viêm gan B sơ sinh, do sốc phản vệ chưa rõ nguyên nhân. Đây là sự cố hy hữu, đáng tiếc và là sự việc bất thường nhưng cũng đặc biệt nghiêm trọng, gây tử vong cùng lúc 3 trẻ sơ sinh.

Tuy nhiên qua kiểm tra, xác minh, Bộ Y tế không thể làm rõ được nguyên nhân. Bộ trưởng Bộ Y tế cho rằng, cần phải điều tra nguyên nhân một cách độc lập, khách quan nhằm xác định đúng người, đúng việc, tránh tình trạng bao che, gây dư luận không tốt cũng như ảnh hưởng đến công tác tiêm chủng phòng bệnh cho trẻ em.