Bộ trưởng Bộ GTVT đã quyết định thành lập ngay một tổ điều tra đặc biệt do Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Văn Công làm tổ trưởng, có sự tham gia của Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Đăng kiểm VN, Trung tâm Tìm kiếm, cứu nạn hàng hải, Vụ Pháp chế Bộ GTVT và các chuyên gia giỏi tham gia vào tổ điều tra đặc biệt.

Bộ trưởng yêu cầu các cơ quan chức năng rà soát lại các văn bản quy phạm pháp luật quy định về hàng hải và đường thuỷ nội địa. Các cơ quan phải báo cáo kiểm điểm trách nhiệm cung cấp thông tin khi có sự cố xảy ra; chủ động điều tra làm rõ nguyên nhân tai nạn liên quan đến công tác quản lý nhà nước. Đồng thời, điều tra làm rõ trách nhiệm của 2 lái tàu cùng xuất bến khi biết có báo hiệu tàu H29 BP bị nạn mà không dừng lại cứu.

Bên cạnh đó, phải làm rõ trách nhiệm của các cơ quan, đơn vị có liên quan đến vụ tai nạn, chậm nhất đến ngày 20.8.2013 phải có báo cáo lên Bộ GTVT.