Hiện TPHCM có 6 nhà máy nước (NMN) sử dụng 2 nguồn nước chính từ nước sông và nước ngầm nhưng có đến 5 NMN bị ảnh hưởng ô nhiễm nước nguồn. Tại hội thảo, đại diện Sawaco cho biết, 3 nhà máy khai thác nguồn nước sông Đồng Nai là NMN Thủ Đức, NMN BOO Thủ Đức, NMN Bình An đều đang đứng trước nguy cơ chất lượng nước sạch bị ảnh hưởng do ô nhiễm nguồn nước tăng cao.

Mức độ ô nhiễm do các hoạt động công nghiệp, nông nghiệp, phát triển đô thị làm gia tăng các chỉ tiêu amonia, mangan, coliform, ô nhiễm hữu cơ (COD, BOD) và độ đục, độ màu thay đổi mạnh theo mùa. Nguồn nước sông Sài Gòn cũng đang bị ô nhiễm làm gia tăng các chỉ tiêu amonia, sắt, mangan, SS, vi sinh gây bệnh. Ô nhiễm hữu cơ trên sông Sài Gòn cũng đang tăng mạnh làm phát sinh các sản phẩm phụ có hại trong quá trình khử trùng nước ô nhiễm thành nước sạch. Chi phí xử lý nước cũng bị đẩy lên cao.

Nguồn nước ngầm sử dụng cho NMN ngầm Tân Phú và các trạm cấp nước sử dụng nguồn nước ngầm cũng đang bị nhiễm sắt và mangan cao. Trữ lượng và mực nước sụt giảm.