Tại công văn 6572, Thứ trưởng Bộ GTVT Phạm Quý Tiêu nêu rõ những nội dung mà ông Trần Đình Bá phản ánh trên một số phương tiện truyền thông về việc việc dẫn nguồn từ Hội Kiến trúc sư Việt Nam và nhóm tác giả Dự án sân bay Long Thành bằng phối cảnh sân bay Chek Lap Kok (Hồng Kông) là hoàn toàn không chính xác, sai sự thật. 

Theo đại diện Bộ GTVT, đây hoàn toàn không phải là hình ảnh phối cảnh của Cảng HKQT Long Thành trong quy hoạch đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và trong hồ sơ dự án đã được Bộ GTVT trình Chính phủ; Chính phủ trình Quốc hội xem xét phê duyệt chủ trương đầu tư.

Theo đó, ngày 14.6.2011, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 909/QĐ-TTg phê duyệt Quy hoạch tổng thể Cảng HKQT Long Thành. Tại quy hoạch này, lần đầu tiên cấu hình đường cất hạ cánh và thiết kế ý tưởng về nhà ga hành khách đã được các Cty tư vấn JAC, ALMEC của Nhật Bản, ADPI của Pháp đưa ra và vẫn lưu trong hồ sơ quy hoạch. Hiện nay, thiết kế ý tưởng về nhà ga từ quy hoạch đã được Cty tư vấn giữ nguyên và đưa vào báo cáo đầu tư (báo cáo tiền khả thi) để làm cơ sở ước tính khái toán tổng mức đầu tư. 

Ngoài ra, Cảng HKQT Long Thành là một dự án quốc gia đặc biệt quan trọng do Chính phủ chỉ đạo, đã được Hội đồng thẩm định Nhà nước, Ủy ban Kinh tế của Quốc hội thẩm định; được Bộ Chính trị, Ban chấp hành Trung ương Đảng cho ý kiến; được Quốc hội xem xét, thảo luận tại Kỳ họp thứ 8 và sẽ được Quốc hội xem xét thông qua chủ trương đầu tư tại Kỳ họp thứ 9 Quốc hội khoá XIII.

Ngoài ra, tại công văn 6572 có một điểm đáng lưu ý, Bộ GTVT khẳng định, ông Trần Đình Bá chưa bao giờ làm việc trong các cơ quan, doanh nghiệp ngành hàng không, không phải là chuyên gia về hàng không như một số cơ quan truyền thông đã đưa. 

Theo Bộ GTVT, tại Hội thảo về Cảng HKQT Long Thành do Ủy ban Kinh tế của Quốc hội tổ chức ngày 12.12.2014 tại TPHCM, ông Trần Đình Bá tham dự và xưng danh học vị Tiến sỹ hàng không - Đại học Hàng không Riga. Nhưng tiến sỹ Lương Hoài Nam - một chuyên gia trong lĩnh vực hàng không và có bằng tiến sỹ chuyên ngành hàng không tại Đại học Hàng không Riga (Liên Xô cũ) nghi ngờ ông Trần Đình Bá không có học vị tiến sỹ hàng không tại Đại học Hàng không Riga và đặt nghi vấn về việc ông Trần Đình Bá mạo danh Tiến sỹ. 

Ngoài ra, ngày 24.8.2014 cựu phi công Mai Trọng Tuấn đã gửi thư đến Bộ trưởng Bộ GTVT Đinh La Thăng khẳng định ông Trần Đình Bá không phải là tiến sỹ.