>> Chùa Trăm Gian xưa
>> Xót xa vụ chùa Trăm Gian mới
>> Phá chùa Trăm Gian - lỗi tập thể!
>> Kiểm điểm, kỷ luật vụ vi phạm tại chùa Trăm Gian

Đối với gác Khánh, sở đề xuất phương án phục dựng lại theo đúng nguyên mẫu kiến trúc như trước khi bị hạ giải. Công trình phục dựng sẽ kết hợp cả các cấu kiện cũ còn tốt với việc tu bổ các cấu kiện hư hỏng nhẹ và các cấu kiện mới thay thế được phục chế theo đúng nguyên mẫu cũ.  Các phần trang trí trên mái sẽ căn cứ hồ sơ ảnh cũ để phục dựng.

Đối với nhà Tổ, trước khi bị tháo dỡ là dạng kiến trúc đơn giản, không có giá trị về kiến trúc và nghệ thuật. Các cấu kiện còn lại hầu như đã bị hư hỏng hoàn toàn. Phương án đề xuất giữ lại hệ khung gỗ đã làm và lắp dựng hoàn thiện, còn các thành phần khác đều phải được điều chỉnh, nghiên cứu và phục dựng lại theo tư liệu cũ như các thành phần nền, chân tảng, các bệ thờ và toàn bộ phần mái bao gồm cả ngói và phần trang trí trên mái để đảm bảo sự tương đồng với các hạng mục khác của tổng thể di tích.

Bậc thềm phía trước Tiền đường sẽ được xử lý theo hướng sử dụng lại các bậc đá đã bị dỡ ra hiện còn, tu bổ lại toàn bộ kiến trúc này (kể cả thành bậc) đảm bảo sự tương đồng, bảo tồn các thành phần cũ, trong đó có những rồng đá thành bậc rất quý hiếm, đồng thời cũng đảm bảo thuận tiện, an toàn cho việc đi lại.