Theo báo cáo của 4 Bộ GTVT, Bộ NNPTNT, Bộ Công thương và Bộ TNMT, sau 5 năm đổi mới ĐVSNCL bộ máy của các bộ, sở có những điều chỉnh lớn khi sáp nhập, sắp xếp lại nhiều đơn vị. Tuy nhiên, các con số thống kê cho thấy các bộ này không tăng lượng biên chế thì cũng tăng số ĐVSNCL. Cụ thể, Bộ NNPTNT nếu năm 2011 có 70 ĐVSNCL trực thuộc bộ với 14.208 biên chế thì tới năm 2016 có 75 ĐVSNCL trực thuộc bộ với 15.276 biên chế, tăng hơn 1.000 cán bộ.

Năm 2011, Bộ TNMT có 713 ĐVSNCL (mới có 56 địa phương báo cáo) trong đó 87 đơn vị thuộc bộ với 9.515 biên chế, 626 đơn vị thuộc 56 sở TNMT với 12.327 biên chế. Tới năm 2016, số đơn vị thuộc bộ tăng lên 97 đơn vị với 9.984 người còn số đơn vị thuộc sở giảm xuống 436 đơn vị nhưng tăng số biên chế lên 22.613 người. Tương tự, Bộ GTVT, năm 2011 có 74 đơn vị trực thuộc với 9.302 người sang năm 2016 giảm xuống còn 68 đơn vị nhưng tăng số biên chế lên 9.639 người.

Dù bộ máy có dấu hiệu phình to nhưng số đơn vị tự chủ chi thường xuyên tại 4 bộ trên còn khiêm tốn. Chẳng hạn, tới năm 2016 Bộ NNPTNT mới có 4 đơn vị tự chủ chi thường xuyên, tương ứng 5,3% hay Bộ Công thương chỉ có 5 đơn vị tự chủ chi thường xuyên. Bên cạnh đó, bộ máy sự nghiệp công tại các địa phương rất cồng kềnh. Chẳng hạn, năm 2013, tại các địa phương, có tới 552 ĐVSN trực thuộc Sở NNPTNN, tương ứng với gần 9 đơn vị/sở.

Lý giải về tình trạng này, các bộ cho rằng dù đã có nghị định về cơ chế tự chủ của ĐVSNCL nhưng hệ thống văn bản hướng dẫn với từng lĩnh vực chưa đầy đủ dẫn đến khó khăn, vướng mắc khi thực hiện. Phần lớn các bộ trừ Bộ GTVT chưa ban hành danh mục các dịch vụ công và việc chuyển đổi cơ chế từ phí sang giá còn nhiều vướng mắc. Bên cạnh đó, một số bộ thừa nhận tư duy của người đứng đầu và một bộ phận cán bộ còn chậm đổi mới, ỉ lại trông chờ vào Nhà nước.

Nhận định về báo cáo của các bộ, Phó Trưởng Ban Kinh tế Trung ương Ngô Đông Hải cho rằng, sau hơn 30 năm đổi mới, hệ thống ĐVSNCL gần như giữ nguyên như thời bao cấp, chỉ có “đẻ” thêm làm nặng gánh nhà nước chứ không phải tinh giản gọn nhẹ và hiệu quả hơn. Cùng quan điểm, ông Bùi Sỹ Lợi, Phó Chủ nhiệm Uỷ ban Về các vấn đề xã hội của Quốc hội nhận xét báo cáo của các bộ đưa ra đánh giá bộ máy thì cụ thể, định hướng có nhưng định lượng khi tinh giản thì không và hiện trạng các sở có quá nhiều ĐVSN là “có vấn đề”.

Còn Phó Chánh Văn phòng Trung ương Đảng Bùi Văn Thạch nhận định, bước chuyển của các ĐVSNCL vẫn đang lơ lửng, nửa bao cấp, nửa thị trường, chưa rõ ràng, biên chế của khu vực sự nghiệp quá lớn, tới 2,2 triệu người và việc áp dụng cơ chế tự chủ cho ĐVSNCL còn rất vướng mắc do do chưa làm rõ lĩnh vực nào để nhà nước lo, lĩnh vực nào chuyển sang cơ chế thị trường. Do đó, cần đột phá trong tư duy để có hướng giải quyết triệt để chứ không “cứ bùng nhùng không thoát được”.