Dự thảo Nghị định áp dụng với các cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh gồm các sở và các cơ quan ngang sở. Dự thảo đưa ra phương án sáp nhập Sở Kế hoạch và Đầu tư với Sở Tài chính thành Sở Kế hoạch - Tài chính.

Cơ cấu tổ chức của Sở Tài chính thành Sở Kế hoạch - Tài chính sẽ gồm: Văn phòng, Thanh tra và không quá 10 phòng chuyên môn. Hà Nội và TP HCM được lập thêm một phòng để quản lý riêng về công sản và một chi cục thay cho một phòng nghiệp vụ về tài chính doanh nghiệp.

Sở Kế hoạch - Tài chính có chức năng tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về: Tài chính; ngân hàng; thuế, phí, lệ phí và thu khác của ngân sách nhà nước; tài sản nhà nước; các quỹ tài chính nhà nước; đầu tư tài chính; kế toán; giá và các hoạt động dịch vụ tài chính tại địa phương; kế hoạch đầu tư công; đầu tư trong nước, đầu tư nước ngoài ở địa phương; quản lý nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), ngồn vốn vay ưu đãi, nguồn viện trợ phi Chính phủ; đấu thầu; đăng ký doanh nghiệp;....

Sở Xây dựng và Sở GTVT hiện nay ở các tỉnh sẽ được sáp nhập thành Sở Hạ tầng và Phát triển đô thị hoặc có tên gọi là Sở Giao thông, Xây dựng và Phát triển đô thị. Riêng Hà Nội và TP HCM thì Sở mới này được hợp nhất giữa Sở Xây dựng với Sở GTVT và Sở Quy hoạch - Kiến trúc.

Cơ cấu Sở Hạ tầng và Phát triển đô thị gồm: Văn phòng, Thanh tra và không quá 9 phòng chuyên môn, nghiệp vụ (trên cơ sở tổ chức lại 12 phòng hiện có của các Sở Xây dựng, Giao thông Vận tải).

Sở Hạ tầng và Phát triển đô thị có chức năng tham mưu, giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về quy hoạch xây dựng và kiến trúc; hoạt động đầu tư xây dựng; phát triển đô thị; chiếu sáng đô thị; cây xanh đô thị; kết cấu hạ tầng giao thông đô thị; quản lý xây dựng ngầm đô thị; nhà ở; công sở; thị trường bất động sản;...

Theo Dự thảo Nghị định, các sở sẽ có Giám đốc sở là Ủy viên UBND cấp tỉnh và số lượng Phó giám đốc sở không quá 3 người. Đối với các chi cục thuộc sở, chi cục có từ 3 phòng và tương đương trở xuống được bố trí 1 Phó Chi cục trưởng; Chi cục có trên 3 phòng và tương được được bố trí 2 Phó Chi cục trưởng…

Ngoài ra, Sở Ngoại vụ sẽ chỉ được thành lập tại các địa phương có đường biên giới trên bộ và cửa khẩu quốc tế. Những tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương không đủ tiêu chí thành lập Sở Ngoại vụ thì được thành lập Phòng Ngoại vụ thuộc Văn phòng UBND cấp tỉnh.

Các tỉnh đủ điều kiện thành lập Sở Du lịch thì Sở Văn hóa – Thể thao và Du lịch đổi thành Sở Văn hóa và Thể thao. Sở Du lịch được thành lập khi đáp ứng các tiêu chí: Có di sản thiên nhiên, di sản văn hóa được tổ chức UNESCO công nhận là Di sản thiên nhiên thế giới hoặc có tài nguyên và tiềm năng du lịch nổi trội (có khu du lịch quốc gia, điểm du lịch quốc gia hoặc đô thị du lịch, điểm tham quan, nghỉ dưỡng có quy mô lớn, nổi bật); Ngành du lịch được xác định là ngành kinh tế quan trọng hoặc ngành kinh tế mũi nhọn trong định hướng phát triển của địa phương; có 5 năm liên tục nằm trong 5 địa phương chưa thành lập Sở Du lịch có tổng thu từ khách du lịch cao nhất trong cả nước hoặc có giá trị kinh tế từ du lịch đóng góp vào GDP hàng năm của địa phương có tỉ trọng từ 10% trở lên. Tuy nhiên, các tiêu chí này không áp dụng đối với các tỉnh đã có Sở Du lịch.