Chương trình có 8 dự án thành phần gồm: Dự án phòng, chống một số bệnh truyền nhiễm nguy hiểm và các bệnh không lây nhiễm phổ biến; Dự án tiêm chủng mở rộng; Dự án dân số và phát triển; Dự án an toàn thực phẩm; Dự án phòng, chống HIV/AIDS; Dự án bảo đảm máu an toàn và phòng, chống một số bệnh lý huyết học; Dự án quân dân y kết hợp; Dự án theo dõi, kiểm tra, giám sát, đánh giá thực hiện chương trình và truyền thông y tế.

Mục tiêu cụ thể mà các dự án hướng tới là đến năm 2020 khống chế tỉ lệ chết/mắc hàng năm do sốt xuất huyết < 0,09%; 20% số người mắc ung thư khoang miệng, vú, cổ tử cung, đại trực tràng được phát hiện ở giai đoạn sớm; bảo đảm tỉ lệ tiêm chủng đầy đủ cho trẻ em dưới 1 tuổi hằng năm đạt trên 95%; 100% các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có mô hình chợ bảo đảm an toàn thực phẩm...