Trước đó, một vấn đề rất đáng chú ý tại phiên tòa, đó là các bị cáo Dương Chí Dũng, Mai Văn Phúc vẫn khăng khăng đến cùng không nhận số tiền 10 tỉ đồng tham nhũng do Trần Hải Sơn đưa. Trước tình huống này, Viện KSND TP.Hà Nội đã buộc phải công bố bản thỏa thuận ngày 7.7.2007 về việc chia số tiền 9 triệu USD của Vinalines sau khi mua ụ nổi 83M. Cụ thể, số tiền này sẽ được chia làm 4 phần: Cty Nakhodka được 2,3 triệu USD, Cty AP được tiền môi giới bán ụ nổi là 700.000USD, bên thứ ba mà sau này cơ quan điều tra xác định là các bị cáo được hưởng 1,666 triệu USD; số còn lại, một số cá nhân Cty Nakhodka chiếm hưởng. “Với một công chức như Dương Chí Dũng, bình thường không thể có được hơn 10 tỉ đồng cùng một lúc để mua nhà cho bạn gái nếu không có những khoản tiền tham ô” – đại diện Viện KSND khẳng định.

Phiên toà còn được chứng kiến sự oán hờn của những bị cáo vốn là nhân viên dưới quyền của Dương Chí Dũng, Mai Văn Phúc. Khi Dương Chí Dũng, Mai Văn Phúc phủ nhận đã nhận chỉ đạo chia 1,66 triệu USD, bị cáo Trần Hải Sơn đã khóc ngay trong phiên tòa: “Tôi khẳng định, chính vì các anh mà tôi đã kéo cả gia đình trở thành nạn nhân của các anh và vướng vào vụ án này”. Bị cáo Bùi Thị Bích Loan, Mai Văn Khang... cũng tức tưởi khi phải làm theo chỉ đạo của Dương Chí Dũng, Mai Văn Phúc, để rồi rơi vào vòng tố tụng.

Dù không nhận tội, nhưng không biết có phải sau khi nghe thấy sự oán hờn của những nhân viên dưới quyền hay không mà đến khi được nói lời sau cùng, Dương Chí Dũng đã tỏ ra ân hận: “Với cương vị chủ tịch hội đồng quản trị của Vinalines mà để xảy ra sai phạm này, thật sự bị cáo rất hối hận. Và không thể nói gì hơn, bị cáo thật sự, thật lòng xin lỗi Đảng, Nhà nước, Quốc hội, Chính phủ, toàn thể nhân dân và toàn thể cán bộ công nhân viên ngành hàng hải vì đã để xảy ra sai phạm này, bị cáo rất hối hận...”. Rồi Dương Chí Dũng còn đọc mấy câu thơ mà ông đã làm khi nhậm chức Chủ tịch HĐQT. Sự ân hận của ông Dương Chí Dũng đã quá muộn.