Trong phiên xét xử ngày 7.1, Viện KSND Tối cao đã đọc cáo trạng, trong đó bị cáo Dương Tự Trong đã phạm vào tội “tổ chức cho người khác trốn đi nước ngoài” với vai trò chủ mưu, cầm đầu. Bị cáo Vũ Tiến Sơn (nguyên Phó Trưởng phòng CSĐT tội phạm về trật tự xã hội (PC45) – CA TP.Hải Phòng) với vai trò chỉ huy thực hiện tội phạm. Bị cáo Hoàng Văn Thắng (cán bộ Phòng PC45 - CA TP.Hải Phòng) phạm vào tội “tổ chức cho người khác trốn đi nước ngoài” với vai trò thực hành, phạm tội do nể nang trong hoàn cảnh là cấp dưới của bị can Dương Tự Trọng.

Bị cáo Đồng Xuân Phong (nguyên cán bộ Cục Hải quan TP.Hải Phòng) phạm vào tội “tổ chức cho người khác trốn đi nước ngoài” với vai trò thực hành, phạm tội trong hoàn cảnh đang được bị can Dương Tự Trọng bao che trong việc trốn lệnh truy nã. Bị cáo Trần Văn Dũng (Dũng “Bắc Kạn) phạm vào tội “tổ chức cho người khác trốn đi nước ngoài” với vai trò thực hành, phạm tội do bị Dương Tự Trọng và Vũ Tiến Sơn ép buộc.

Bị cáo Nguyễn Trọng Ánh (nguyên cán bộ Phòng PC45 - CA TP.Hải Phòng) phạm vào tội “tổ chức cho người khác trốn đi nước ngoài” với vai trò thực hành, phạm tội do nể nang trong hoàn cảnh là cấp dưới Dương Tự Trọng. Bị cáo Phạm Minh Tuấn (GĐ XN Bạch Đằng - Hải Phòng) phạm vào tội “tổ chức cho người khác trốn đi nước ngoài” với vai trò là người giúp sức, vì mối quan hệ bạn bè với Dương Tự Trọng. 

Viện KSND Tối cao nhận định đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, phạm tội có tổ chức, do Dương Tự Trọng là người chủ mưu, cầm đầu. Vũ Tiến Sơn tổ chức thực hiện theo chỉ đạo của Dương Tự Trọng bằng nhiều thủ đoạn tinh vi như sử dụng sim rác, thường xuyên thay đổi số điện thoại để liên lạc, thay đổi địa điểm trốn, phương tiện đưa đón, cung cấp tiền, giao cho các đối tượng thực hiện từng phần việc khác nhau nhằm che giấu hành vi phạm tội...

Ngoài ra, cơ quan công an đã xác định Dương Tự Trọng còn có hành vi che giấu, không tổ chức truy bắt Đồng Xuân Phong - là đối tượng truy nã và chỉ đạo cấp dưới làm giả 2 giấy chứng minh nhân dân, đã phạm vào tội "lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" được điều tra trong vụ án khác.

Viện KSND Tối cao truy tố Dương Tự Trọng ở khoản 3, Điều 275 Bộ luật Hình sự với mức hình phạt tù từ 12-20 năm.

Theo cáo trạng của Viện KSND Tối cao, chiều 17.5.2012, Dương Chí Dũng (lúc đó đang là Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam) biết được thông tin sẽ bị Cơ quan CSĐT - Bộ Công an khởi tố bị can và bắt tạm giam về tội "cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế, gây hậu quả nghiêm trọng" nên đã thông báo ngay cho em trai là Dương Tự Trọng (khi đó là PGĐ CA TP.Hải Phòng) và được Dương Tự Trọng bảo tạm thời đến trốn tại nhà bạn gái của Trọng ở đường Nguyễn Khánh Toàn (phường Quan Hoa, quận Cầu Giấy, TP.Hà Nội). 

Sau đó, Dương Tự Trọng gọi điện cho Vũ Tiến Sơn (khi đó là Phó Trưởng phòng CSĐT tội phạm về trật tự xã hội (PC45) – CA TP.Hải Phòng ) và Hoàng Văn Thắng (khi đó là cán bộ Phòng PC45 Hải Phòng) đến phòng làm việc để thông báo việc Dương Chí Dũng sẽ bị khởi tố, bắt giam và bàn bạc việc tổ chức cho Dương Chí Dũng trốn đi nước ngoài. Ngay sau đó, Dương Tự Trọng, Vũ Tiến Sơn, Nguyễn Trọng Ánh (khi dó là cán bộ Phòng PC45 Hải Phòng) và Nguyễn Thái Hưng (cán bộ hải quan Hải Phòng) cùng đi lên Hà Nội để lo liệu. Trọng còn giao cho Hoàng Văn Thắng lái xe ôtô do Vũ Tiến Sơn mượn đến đón Phạm Minh Tuấn (bạn thân của Trọng) cùng đi Hà Nội.

Đến khu vực Phố Nối (tỉnh Hưng Yên), hai nhóm này gặp nhau và Trọng yêu cầu Phạm Minh Tuấn đến đón Dương Chí Dũng rồi đưa xuống Quảng Ninh. Dương Tự Trọng và Vũ Tiến Sơn đã bàn bạc, thống nhất giao cho Sơn đứng ra liên lạc, phân công các đối tượng trong nhóm này tổ chức cho Dương Chí Dũng trốn đi nước ngoài. Sơn đã gọi cho Đồng Xuân Phong (đang bị truy nã trong vụ án khác) và Dũng "Bắc Kạn" (đối tượng giang hồ ''cộm cán'' tại TP.Hải Phòng) để cùng tổ chức cho Dương Chí Dũng trốn đi nước ngoài.

Sau đó, Dương Chí Dũng lên xe ôtô do đồng bọn chuẩn bị trước đưa  vào TPHCM rồi theo kế hoạch đưa Dương Chí Dũng trốn sang Campuchia bằng đường tiểu ngạch qua khu vực biên giới cửa khẩu Mộc Bài, tỉnh Tây Ninh và từ Campuchia sang Mỹ.

Tối 23.5.2012, các đối tượng đã đưa Dương Chí Dũng trốn sang Campuchia. Trưa 24.5.2012, Phong mua vé máy bay cùng Dương Chí Dũng từ Campuchia sang Singapore để Dương Chí Dũng làm thủ tục xuất cảnh đi Mỹ. Do không được phép nhập cảnh vào Mỹ nên Dương Chí Dũng đã lẩn trốn ở Campuchia.  

Ngày 6.7.2012, Phong sang Campuchia để xếp sắp cho Dương Chí Dũng đến ở nhờ nhà người quen của mình. Ngày 4.9.2012, Dương Chí Dũng bị cơ quan chức năng Campuchia và Việt Nam bắt giữ đưa về Việt Nam điều tra.