Kết luận của Viện Khoa học hình sự về vụ việc này khá tương đồng với kết luận của cơ quan pháp y tỉnh Vĩnh Phúc và phù hợp với lời khai của nhóm hung thủ gây án.
 
Chiều 1.4, theo kết luận pháp y của Viện Khoa học hình sự - Bộ Công an, nguyên nhân dẫn đến cái chết của Nguyễn Tuấn Anh: Ngạt nước, trên người có chấn thương vùng lưng và gối trái; tổn thương ở vùng lưng và gối trái do vật tày gây nên; trong máu của tử thi có ethanol nồng độ 312,4mg/100ml, trong phủ tạng không tìm thấy các chất độc thường gặp.

Trước đó, trong buổi sáng 1.4, cơ quan Pháp y tỉnh Vĩnh Phúc đã có kết luận giám định số 56 kết luận nguyên nhân dẫn đến cái chết của anh Nguyễn Tuấn Anh.

Theo Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Vĩnh Phúc, kết luận pháp y như vậy là phù hợp với các tài liệu thu thập được từ trước đến nay về vụ án.

Theo lời khai của các đối tượng bị bắt tại cơ quan công an, chúng đã đánh anh Tuấn Anh bị đa chấn thương, sau đó đẩy xuống mương nước. Điều này phù hợp với cơ chế chết của anh Tuấn Anh, nghĩa là anh Tuấn Anh sau khi bị đánh đa chấn thương, trong người lại có hơi rượu nên khi bị đẩy xuống mương nước không có khả năng phản kháng (dù chưa bị chết), từ đó dẫn đến bị ngạt nước và tử vong.