Kết quả cuối năm 2012, thành phố không thể hoàn thành mục tiêu thu ngân sách được giao, thiếu hơn 17.000 tỉ đồng. Đây là lần đầu tiên TP.Hồ Chí Minh không thể hoàn thành mục tiêu thu ngân sách kể từ ngày giải phóng đến nay. Câu chuyện TP.Hồ Chí Minh lần đầu tiên không thể hoàn thành chỉ tiêu thu ngân sách do trung ương giao trở thành một trong những vấn đề được quan tâm mổ xẻ nhiều nhất tại kỳ họp cuối năm của Hội đồng Nhân dân thành phố. Đại diện UBND thành phố, Giám đốc Sở Tài chính, Cục trưởng Cục Thuế phải lần lượt giải trình những vấn đề liên quan đến việc thu ngân sách không đạt chỉ tiêu. Có 2 nguyên nhân dẫn đến việc thu ngân sách của TP.Hồ Chí Minh không đạt chỉ tiêu. Theo lý giải của UBND thành phố, do khó khăn của kinh tế thế giới và trong nước đã tác động đến tăng trưởng kinh tế, ảnh hưởng đến thu ngân sách nhà nước. Bên cạnh đó, việc thực hiện các chính sách dãn thuế, miễn thuế để tháo gỡ khó khăn cho sản xuất kinh doanh, hỗ trợ thị trường theo quy định tại Nghị quyết 13/NQ-CP cũng ảnh hưởng giảm nguồn thu.

Thực tế, tình hình kinh tế khó khăn trong năm 2012 bộc lộ rõ qua số lượng doanh nghiệp không thể tồn tại, đã có khoảng 17.000 doanh nghiệp giải thể. Thành phố đã thực hiện một loạt các giải pháp để hỗ trợ doanh nghiệp vượt qua giai đoạn kinh tế khó khăn. Theo bà Nguyễn Thị Hồng, nguồn thu của thành phố bị giảm một phần do số tiền khoảng 4.000 tỉ đồng giảm thuế, dãn thuế. Trong khi đó, theo ông Nguyễn Đình Tấn - Cục trưởng Cục Thuế TP.Hồ Chí Minh - thị trường bất động sản khó khăn, nguồn thu quan trọng từ tiền sử dụng đất cũng bị giảm đáng kể. Tổng số tiền gia hạn tiền sử dụng đất, nợ thuế cho doanh nghiệp lên đến gần 2.000 tỉ đồng.