Văn bản do Chủ tịch UBND TP Lê Hoàng Quân ký, nêu rõ trong quá trình hoạt động Cty TNHH Nidec Việt Nam Corporation, Cty TNHH Nidec Sankyo Việt Nam, Cty TNHH Nidec Servo Việt Nam là 3 trong 5 Cty thuộc Tập đoàn Nidec đang hoạt động tại Khu Công nghệ cao TP gặp khó khăn về việc xác định ưu đãi Thuế thu nhập doanh nghiệp do cách hiểu luật khác nhau giữa doanh nghiệp và cơ quan kiểm toán Nhà nước, cũng như giữa các cơ quan Nhà nước với nhau.
Trong tháng 9 năm 2015, Đoàn Kiểm toán Nhà nước Khu Vực 4 đã làm việc tại Cục thuế Thành phố, đã xem xét vấn đề ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp áp dụng cho dự án đầu tư của 3 Cty nêu trên.

Tại dự thảo Biên bản Xác nhận số liệu và tình hình đối chiếu thuế của Kiểm toán Nhà nước, Kiểm toán Nhà nước xác định rằng, các Cty đã thực hiện đầu tư mở rộng trong giai đoạn 2009-2014, theo đó Kiểm toán Nhà nước xác định các doanh nghiệp có tăng giá trị máy móc thiết bị hàng năm từ năm 2009 (là thời điểm Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp năm 2008 có hiệu lực), do đó các hoạt động tăng thêm này là đầu tư mở rộng so với dự án ban đầu nên không được hưởng ưu đãi ban đầu đã cấp cho doanh nghiệp, do đó phần thu nhập phân bổ cho giá trị đầu tư tài sản mới (bao gồm nhà máy, máy móc, thiết bị sản xuất) trong giai đoạn này không được hưởng các ưu đãi thuế (bao gồm thuế suất ưu đãi, thời gian miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp) được cấp tại Giấy Chứng nhận đầu tư của 3 Cty.

Trong quá trình làm việc, 3 Cty này đã có giải trình bằng văn bản cũng như đối thoại với đại diện của Kiểm toán Nhà nước về vấn đề áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Tuy nhiên theo Kiểm toán Nhà nước đây là vấn đề chính sách nên phải có ý kiến của Bộ Tài Chính.

Ngày 13.6.2008, Bộ Tài chính có Công văn số 6864/BTC-CST báo cáo Thủ tướng Chính phủ: “Tập đoàn Nidec cam kết đầu tư đến 500 triệu USD vào Khu Công nghệ cao TP.HCM và Ban Quản lý Khu công nghệ cao sẽ cấp Giấy phép đầu tư theo từng giai đoạn và từng dự án thành phần”.

Sau đó, Thủ tướng Chính phủ đã có ý kiến chỉ đạo Công văn số 1000/TTg-KTTH ngày 27.6.2008: “Đồng ý cho các dự án đầu tư của Tập đoàn Nidec (Nhật Bản) vào Khu Công nghệ cao TPHCM được áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi 10% trong suốt thời gian thực hiện dự án”.

UBND TPHCM nhận thấy, trong điều kiện hiện nay, Chính phủ đang khuyến khích các doanh nghiệp công nghệ cao phát triển hoạt động sản xuất kinh doanh và cho phép các dự án công nghệ cao được hưởng mức ưu đãi thuế cao nhất. Vì vậy, UBND TP đề nghị Bộ Tài chính xem xét tạo điều kiện cho các Cty của Tập đoàn Nidec đầu tư tại Khu Công nghệ cao TP được hưởng ưu đãi thuế theo như chỉ đạo của chỉ đạo tại Công văn số 1000/TTg-KTTH ngày 27.6.2008 của Văn phòng Chính phủ và Giấy chứng nhận đầu tư đã được Ban Quản lý cấp nhằm đảm bảo tính nhất quán trong việc áp dụng các chính sách ưu đãi đầu tư.

Từ năm 2005 đến nay, Ban Quản lý Khu Công nghệ cao TP đã cấp giấy chứng nhận đầu tư vào Khu Công nghệ cao cho 5 dự án thuộc tập đoàn Nidec để tổ chức sản xuất sản phẩm công nghệ cao. Sau 10 năm hoạt động đã đóng góp một nguồn thu không nhỏ cho ngân sách nhà nước, lũy kế đến nay giá trị nộp ngân sách đạt 23 triệu USD. Giá trị xuất khẩu luôn tăng đều hàng năm, bình quân chiếm 8,7% tổng giá trị xuất khẩu của Khu Công nghệ cao, lũy kế giá trị xuất khẩu của 5 Cty đến nay đạt 1.829 triệu USD. Ngoài những đóng góp trên, các công ty đã góp phần giải quyết việc làm cho gần 12.000 lao động. Ủy ban nhân dân Thành phố luôn đánh giá cao những đóng góp của các Công ty Nidec tại Khu Công nghệ cao trong suốt thời gian qua và đã tạo mọi điều kiện thuận lợi để các Công ty này hoạt động kinh doanh có hiệu quả.