Tổng sai phạm về tài chính được phát hiện qua thanh tra lên đến 10.676 tỉ đồng. Để xảy ra các sai phạm trên, không chỉ có trách nhiệm của lãnh đạo tập đoàn mà còn có trách nhiệm của Bộ Xây dựng, Bộ Tài chính, UBND TP.Hà Nội và các cơ quan hữu quan khác.   

Tập đoàn Sông Đà (tập đoàn) được thành lập từ 6 TCty gồm TCty Lắp máy VN (LILAMA); TCty Xây dựng và phát triển hạ tầng (LICOGI); TCty Cơ khí xây dựng (COMA); TCty cổ phần Sông Hồng; TCty cổ phần đầu tư và phát triển xây dựng (DIC Corp) và TCty Sông Đà.

Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ (TTCP), khi thành lập tập đoàn, Bộ Xây dựng đã không xác định lại giá trị vốn nhà nước, vốn chủ sở hữu của 6 TCty khi bàn giao cho HĐQT tập đoàn dẫn đến việc xác định không chính xác vốn điều lệ của tập đoàn. Đến thời điểm thanh tra, Bộ Xây dựng, Bộ Tài chính, Hội đồng thành viên tập đoàn chưa điều chỉnh lại vốn điều lệ; Hội đồng thành viên của tập đoàn chưa có văn bản báo cáo Thủ tướng về việc bổ nhiệm TGĐ tập đoàn theo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng.

Kết luận thanh tra chỉ rõ: Tập đoàn và một số đơn vị thành viên đã đầu tư ra ngoài DN vượt vốn điều lệ 2.335 tỉ đồng; góp vốn vào Quỹ đầu tư VN; Quỹ thành viên Vietcombank 3 số tiền l94,5 tỉ đồng, tiềm ẩn nguy cơ mất vốn; sử dụng 340,9 tỉ đồng của Quỹ hỗ trợ sắp xếp DN để bổ sung nguồn vốn kinh doanh... Vi phạm các quy định về quản lý tài chính.

TCty LILAMA đã đầu tư ra ngoài DN vượt vốn điều lệ 3.732 tỉ đồng. Trong đó đáng chú ý có việc cho Cty Vifa và Cty cổ phần LILAMA Hà Nội vay 390,3 tỉ đồng và đầu tư vào hai Cty này 128,7 tỉ đồng có nguy cơ mất vốn... Tại TCty LICOGI, TCty COMA, theo kết luận của TTCP thực trạng trên cũng đáng báo động.

TTCP đã làm rõ việc TCty Sông Đà (nay là Tập đoàn Sông Đà) không thực hiện chức năng chủ đầu tư DA Khu đô thị mới Mỹ Đình - Mễ Trì theo quyết định phê duyệt của UBND TP. Hà Nội với hàng loạt sai phạm... có trách nhiệm của Bộ Xây dựng, UBND TP.Hà Nội. TTCP cũng làm rõ việc TCty Sông Đà không thực hiện DA Khu đô thị mới Nam An Khánh mà chuyển cho Sudico làm chủ đầu tư nhưng không có bản báo cáo bộ, ngành, Thủ tướng Chính phủ; ký hợp đồng chuyển nhượng DA (không có hạ tầng) thu trái quy định 155 tỉ đồng là vi phạm NĐ 17/2006 của Chính phủ. Việc HĐQT Cty cổ phần ximăng Hạ Long (đơn vị thành viên của tập đoàn) phê duyệt điều chỉnh tổng mức đầu tư DA đầu tư ximăng Hạ Long tăng 1.249 tỉ đồng khi không có ý kiến của các bộ, ngành và Thủ tướng Chính phủ...

Để xảy ra khuyết điểm, sai phạm trên có trách nhiệm của Bộ Xây dựng, Bộ Tài chính, UBND tỉnh Hà Tây (cũ), UBND TP.Hà Nội, lãnh đạo Tập đoàn Sông Đà và các đơn vị thành viên. TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Xây dựng, Bộ Tài chính, UBND TP.Hà Nội và tập đoàn kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với các cá nhân có liên quan; đồng thời TTCP kiến nghị Thủ tướng xử lý về kinh tế với tổng số vi phạm phát hiện qua thanh tra lên đến 10.676 tỉ đồng. Kiến nghị Thủ tướng giao Bộ CA làm rõ sai phạm trong quản lý sử dụng vốn, tài sản tại Cty cổ phần  COMA3 và việc thực hiện DA Nhà máy ximăng Đồng Bành do Cty cổ phần ximăng Đồng Bành làm chủ đầu tư. Cụ thể Cty COMA3 đã để các cá nhân là cán bộ, nhân viên trong Cty tạm ứng, chiếm dụng trái phép 47,9 tỉ đồng.