BQL là cơ quan trực thuộc UBND tỉnh Quảng Ngãi, thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với Khu kinh tế Dung Quất và các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh Quảng Ngãi; quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất kinh doanh cho nhà đầu tư trong Khu kinh tế Dung Quất và các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật.

BQL có tư cách pháp nhân, có tài khoản, trụ sở làm việc và con dấu hình quốc huy; kinh phí quản lý hành chính, kinh phí hoạt động sự nghiệp của Ban Quản lý và vốn đầu tư phát triển do ngân sách nhà nước cấp theo kế hoạch hàng năm; nguồn kinh phí khác theo quy định của pháp luật.