Mục tiêu đề ra là đến năm 2020, tổng diện tích nuôi trồng thủy sản đạt 36.980ha, trong đó: Diện tích nuôi trồng thủy sản mặn, lợ là 22.140ha, nước ngọt 14.840ha. Diện tích nuôi ao, đầm nước lợ là 19.890ha, nuôi lồng 68.340 chiếc với tổng thể tích là 1.093.440m3; tổng sản lượng nuôi trồng thủy sản đến năm 2020 đạt khoảng 158.190 tấn, trong đó: Sản lượng nuôi trồng thủy sản nước mặn, lợ đạt 122.310 tấn, nước ngọt đạt 35.880 tấn; cung cấp thị trường 100 tỉ con giống hải sản các loại và 400 triệu giống thủy sản nước ngọt. Thu hút và giải quyết việc làm cho lao động nuôi trồng thủy sản khoảng 80.000 người. 

Giá trị xuất khẩu thủy sản toàn vùng phấn đấu đạt 1,2 tỉ USD. Đến năm 2030, tổng diện tích nuôi trồng thủy sản đạt 36.980ha, với tổng sản lượng thuỷ-hải sản các loại đạt 162.280 tấn, trong đó: Tôm sú đạt 5.700 tấn, tôm chân trắng: 97.720 tấn, tôm hùm: 2.140 tấn, cá biển: 15.000 tấn, nhuyễn thể: 10.840 tấn, rong biển: 20.000 tấn, sản lượng cua, ghẹ: 1.500 tấn, sản lượng hải sản khác: 9.360 tấn.