Theo thống kê của Bộ GTVT hiện trên các tuyến Quốc có 86 trạm đang và sẽ thu phí khi các dự án hoàn thành đưa vào khai thác (dự án đã ký hợp đồng BOT). Trong đó, Bộ GTVT quản lý 72 trạm, 14 trạm còn lại do UBDN các tỉnh ký hợp đồng với nhà đầu tư. 

Theo đó, Bộ GTVT đề xuất kiến nghị giữ nguyên trạng 53 trạm thu phí có khoảng cách đến trạm liền kề trên 70km và 9 trạm có khoảng cách giữa các trạm từ 60-70km. Ngoài ra, Bộ GTVT cũng kiến nghị tiếp tục giữ nguyên trạng đối với 18 trạm thu phí có khoảng cách giữa các trạm dưới 60km đã được rà soát cụ thể, nhằm tránh các khu đông dân cư, khu đô thị… do trạm đã nằm trong phạm vi dự án, khi quyết định vị trí trạm thu phí đã lựa chọn cân nhắc điều kiện cụ thể và đã được UBND các tỉnh, Bộ GTVT và Bộ Tài chính thống nhất. 

Trong đó có 4 trạm thu phí hoàn vốn cho công trình đặc thù cầu lớn, hầm đường bộ không thể di chuyển gồm trạm Bắc Hải Vân (thu phí hầm Phước Tượng), trạm thu phí cầu Đồng Nai, trạm cầu Cổ Chiên và trạm cầu Việt Trì mới; Ba trạm do ảnh hưởng bởi phạm vi khu đô thị gồm trạm Tiên Cựu của dự án QL10 Quán Toan-Cầu Nghìn, trạm thu phí Km150+200 hoàn vốn cho dự án QL18 đoạn Hạ Long-Mông Dương, trạm Km56+450 trên QL51…

Lý dó Bộ GTVT đề xuất Thủ tướng Chính phủ xóa bỏ hai trạm thu phí là trạm Đèo Ngang tại Km590 QL1 (Hà Tĩnh) và trạm thu phí Nam Hải Vân, do 2 dự án BOT hầm Đèo Ngang và tuyến tránh Hà Tĩnh cùng một nhà đầu tư và thời gian thu phí tại trạm Đèo Ngang không còn dài nên Bộ GTVT đang đàm phán với nhà đầu tư xoá bỏ trạm này theo phương án kéo dài thời gian thu phí tại trạm Cầu Rác để hoàn vốn phần còn lại cho dự án BOT hầm Đèo Ngang. 

Tương tự, trạm thu phí Nam Hải Vân được quyết định đầu tư năm 2007 sẽ được xoá bỏ đầu năm 2016, dùng trạm thu phí Hoà Phước để hoàn vốn cho cả hai dự án BOT Hoà Cầm-Vĩnh Điện và dự án BOT đoạn Km947-Km987 QL1 do cùng một nhà đầu tư.

Đồng thời, Bộ GTVT kiến nghị dịch chuyển 4 trạm thu phí, trong đó 3 trạm nằm trên tuyến QL1 là trạm Đức Phổ tại Km1108+200, Bàn Thạch tại Km1350+200, Ninh Anh tại Km1408+200 và một trạm Bảo Lộc tại Km108+557 QL20.

Clip minh hoạ về bất cập của trạm thu phí BOT