Ngay sau khi nhận được thông tin báo chí phản ánh về việc ông Nguyễn Văn Tấn, chủ quán, bị khởi tố, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đã trực tiếp chỉ đạo Chủ tịch UBND TPHCM khẩn trương kiểm tra, làm rõ vụ việc. Đồng thời Thủ tướng cũng đã có ý kiến chỉ đạo công an và đề nghị Viện trưởng VKSND tối cao chỉ đạo kiểm tra thông tin liên quan đến việc xử lý hình sự về hành vi kinh doanh trái phép đối với ông Tấn.
Viện trưởng VKSND tối cao đã sớm ra văn bản chỉ đạo giải quyết vụ việc, khẳng định hành vi của ông Nguyễn Văn Tấn không phạm tội kinh doanh trái phép, yêu cầu VKSND huyện Bình Chánh ra ngay quyết định đình chỉ vụ án, đình chỉ bị can đối với ông Tấn và công khai xin lỗi, bồi thường thiệt hại cho công dân theo quy định.
Thực hiện chỉ đạo trên, ngay trong ngày 23.4, Viện trưởng Viện KSND TPHCM đã ra quyết định tạm đình chỉ công tác với ông Lê Thanh Tòng – Phó Viện trưởng Viện KSND quận 6 (Nguyên Phó Viện trưởng Viện KSND huyện Bình Chánh) và Kiểm sát viên Hồ Văn Son, những người trực tiếp tiến hành tố tụng vụ án này. Cùng với đó, Viện KSND tối cao có chỉ đạo thông báo rút kinh nghiệm trong toàn ngành.
Cũng từ chỉ đạo của Thủ tướng, Bộ trưởng Công an đã yêu cầu Công an TPHCM chủ động kiểm tra, đánh giá lại vụ án, xem xét cán bộ của mình. Công an TPHCM sau đó đã có quyết định đình chỉ đối với cán bộ có liên quan, làm rõ trách nhiệm và xử lý nghiêm các sai phạm theo quy định.
Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ nhấn mạnh, tại Hội nghị gặp mặt doanh nghiệp ngày 29.4 vừa qua, Thủ tướng đã có kết luận, gửi thông điệp tới người dân rằng việc kinh doanh chưa có giấy phép hoặc không phép có thể xem xét ở các hình thức xử lý khác chứ không hình sự hóa.