Trong Luật Đất đai 2003 có 2 cơ chế thu hồi đất, cơ chế thứ nhất là do Nhà nước đứng ra thu hồi đất, tiến hành giải phóng mặt bằng. Cơ chế thứ hai là doanh nghiệp tự thỏa thuận với người dân trong thu hồi đất, bồi thường.

Đất đai hiện nay thuộc sở hữu toàn dân do Nhà nước thống nhất quản lý, trong khi đó lại giao cho doanh nghiệp tư nhân tự thỏa thuận với người dân trong thu hồi đất, sau đó Nhà nước làm thủ tục giao đất hoặc cho thuê đất đối với các doanh nghiệp. Đây chính là điều bất cập trong cơ chế chính sách, dẫn đến người dân khiếu kiện đông người kéo dài trong những năm qua, đến nay cũng chưa được giải quyết dứt điểm.

Hiện nay, hằng năm các địa phương xây dựng giá đất phục vụ cho hai mục đích là giá đền bù cho thu hồi đất để xây dựng các công trình phúc lợi công cộng của địa phương và cũng là giá khi Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất. Khi áp dụng cho đền bù thì người dân kêu là giá đền bù quá thấp, phải theo giá thị trường; khi giao đất có thu tiền sử dụng đất cũng là giá đó, thì người dân cho rằng giá quá cao không có khả năng nộp, đề nghị Nhà nước xem xét miễn- giảm.

Chính vì vậy, đây cũng là khó khăn hiện nay của các dự án đầu tư bất động sản. Theo phản ánh của các doanh nghiệp bất động sản, bất cập lớn nhất của Nghị định 69/2009/NĐ-CP ngày 13.8.2009 và Nghị định 120/2010/NĐ-CP ngày 30.12.2010 là cách tính tiền sử dụng đất được xác định bằng 100% giá thị trường thông qua thẩm định giá. Điều này dẫn đến tình trạng doanh nghiệp vừa phải bồi thường cho người dân theo giá thị trường, lại vừa phải nộp tiền sử dụng đất cho Nhà nước cũng theo giá thị trường.

Quy định này không chỉ gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc đóng tiền sử dụng đất vì số tiền phải nộp quá lớn, mà cơ quan tài chính, thuế cũng gặp khó khăn trong việc thu tiền sử dụng đất vì cũng không có cơ sở để xác định được đâu là giá thị trường… Việc Nhà nước quy định DN vừa phải bồi thường cho người dân theo giá thị trường, lại vừa phải nộp tiền sử dụng đất cho Nhà nước cũng theo giá thị trường là bất hợp lý, vì khi chưa triển khai dự án các công trình cơ sở hạ tầng như giao thông, điện, nước v.v… chưa có, nên giá trị đất tại khu vực này không thể cao được, khi dự án đã được đầu tư hoàn chỉnh thì giá trị đất phải được điều chỉnh tăng lên là phù hợp...

Về giá đền bù, đây là vấn đề nhạy cảm người bị thu hồi đất thắc mắc khiếu nại rất nhiều, người dân không hiểu khi thu hồi đất có nhiều lọai đất khác nhau như đất khu dân cư, đất nông nghiệp, đất rừng sản xuất v.v…, do vậy giá đền bù các loại đất khác nhau.

Các địa phương cũng rất khó khăn trong việc vận động tuyên truyền với các hộ dân bị thu hồi đất để làm dự án phát triển kinh tế ở địa phương; vì nếu dự án địa phương thu hồi theo quy định pháp luật thì áp giá đền bù theo giá đất hằng năm được hội đồng nhân dân tỉnh thông qua, còn các dự án khác do các doanh nghiệp đầu tư thì theo giá thỏa thuận với người dân, do đó trên khu vực đất gần nhau Nhà nước thu hồi làm công trình công cộng thì giá thấp hơn so với giá các tổ chức khác thỏa thuận , vì vậy các hộ thắc mắc.

Qua các đơn khiếu nại về đất đai, người dân đòi hỏi phải công bằng và đề nghị đền bù phải theo giá thị trường; tuy nhiên, làm thế nào để xác định được giá thị trường và làm thế nào để xác định "sát với giá thị trường" là điều không đơn giản, đây là vấn đề khó. Chính vì vậy, mấy năm qua các địa phương vấp phải vấn đề này đã không giải thích thuyết phục được với các hộ dân, nên họ liên tục gửi đơn vượt cấp.

Về giá đền bù do Nhà nước thu hồi đất, đất đai hiện nay thuộc sở hữu toàn dân do Nhà nước thống nhất quản lý, do vậy Chính phủ nên tiếp tục quy định khung giá đền bù chung cho cả nước, hoặc ủy quyền UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương xây dựng giá đất. Trên cơ sở đó, ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố chỉ đạo các ngành chức năng vận dụng, xây dựng giá phù hợp với tình hình thực tế của địa phương sát với giá thị trường, trình hội đồng nhân dân tỉnh thông qua để triển khai thực hiện áp dụng thời gian từ 3 năm trở lên để mang tính ổn định lâu dài để triển khai một dự án lớn. Nếu hằng năm phải điều chỉnh giá đất như hiện nay thì người nhận đền bù trước sẽ lại khiếu kiện, vì người nhận đền bù năm sau giá đền bù sẽ cao hơn năm trước.